在喷雾干燥器设计^重要的变量是蒸发率和所需的产品粒度分布。蒸发率和干燥ΔT（进风温度减去出口空气温度）下干燥空气的需求量，这就决定了尺寸和几乎所有的系统部件的成本。粒径要求影响雾化的选择也会影响的喷雾干燥机的大小。
　　
　　对于一个给定的蒸发速率，更高的设计Δt，减少工艺空气是必需的，而且体积更小、成本更低的喷雾干燥系统将。许多产品，但不能使用高入口温度由于热降解潜力产品。
　　
　　喷雾干燥机设计要考虑产品回收和排放控制：
　　
　　成功的喷雾干燥操作取决于用于产物回收和排放控制的技术。这些选择可以影响产品产量，产品分类，产品完整性，能量消耗和环境合规性。
　　
　　室分离
　　
　　一个产品的部分从喷雾干燥机下锥收集。当粒子是易碎的时候用于防止降解产物。用当粒径较大的切割分离所需的。增加了另一个集合点，这增加了资本和运营成本。分离效率很大程度上取决于产品的密度和粒度分布。
　　
　　旋风收集
　　
　　一种收集多达98%的产品一般的低成本的方法。有用的时候从多个产品存在潜在污染的产品。很少需要维护。相对较低的风机能耗与压降5-10英寸水柱需要备份与袋式除尘器或湿式除尘器的排放控制。能使喷雾干燥颗粒降解易碎。
　　
　　填充柱
　　
　　使用后的颗粒被化学气体，如HCl，需要擦洗。也可以用来从干燥机排放热回收产生的热水用于其他的设施。通常需要控制密度水平，pH仪表更高的水平或温度。